Ως έμβλημα του Δήμου Μυκόνου έχει καθιερωθεί και χρησιμοποιείται επίσημα (σε κάθε είδους έντυπα κλπ.) από το 1985, σύνθετη παράσταση που απεικονίζει αρχαία λύρα και το πρόσωπο του θεού Απόλλωνα επάνω σε φύλλα δάφνης. Το έμβλημα αυτό επανήλθε σε χρήση από το Δήμο -ελαφρώς παραλλαγμένο- μετά από έναν περίπου αιώνα, αφού αντίστοιχη συμβολική σύνθεση, με αναφορά στο θεό Απόλλωνα (που κατά τη Μυθολογία γεννήθηκε στη γειτονική Δήλο και λατρευόταν εκεί κατά την αρχαιότητα) χρησιμοποιήθηκε στις σφραγίδες του Δήμου από το 1881 και μετά.
Έμβλημα και παλαιά σφραγίδα:
Το έμβλημα της σφραγίδος καθορίσθηκε με το Β.Δ. της 30ης Οκτωβρίου 1881 (ΦΕΚ 112/σελ.615: «…του δήμου Μυκόνου εν τω μέσω μέν «λύραν του Απόλλωνος και το πρόσωπον αυτού», γύρωθεν δε τας λέξεις «δήμος Μυκόνου» ….» Σύμφωνα με το σχόλιο που συνοδεύει τη σφραγίδα της συλλογής του ΕΛΙΑ «..εχαράχθη κεφαλή του Απόλλωνος… όπως αναμιμνήση ημίν την δόξα της γείτονος Δήλου, πέριξ δε της λύρας αυτού σταφυλήν εις τεκμήριον της καλής παραγωγής του νέκταρος…. και προς ενθάρυνσιν της καλλιεργείας των αμπελώνων της νήσου…» Ανωτέρω εικονίζονται οι δύο κυριότεροι τύποι σφραγίδων που χρησιμοποιήθηκαν.
(Από το βιβλίο: Ελευθ. Γ. Σκιαδά: ‘Ιστορικό Διάγραμμα των Δήμων της Ελλάδος, 1833-1912’. Εκδ. ‘Μικρός Ρωμηός’, Αθήνα 1994)
Το έμβλημα του Δήμου Μυκόνου στη σημερινή του μορφή, όπου τα φύλλα της αμπέλου αντικατέστησαν τα φύλλα δάφνης, σχεδίασε το 1984 η Γαλλίδα ζωγράφος Genevieve Couteau.
Από την Κοινότητα της Άνω Μεράς χρησιμοποιήθηκε, αντίστοιχα, από της ιδρύσεώς της το 1916, σφραγίδα που έφερε αγροτικά σύμβολα (άροτρο και στάχυ).