Η Μύκονος συμπεριλήφθηκε με τις Κυκλάδες στο Νεοελληνικό κράτος από την ανακήρυξη της ανεξαρτησίας του (1830). Ο Δήμος της Μυκόνου ιδρύθηκε το 1834 με το διάταγμα του βασιλιά Όθωνα ‘περί του σχηματισμού των Δήμων του νομού Κυκλάδων’ (ΦΕΚ 4/1835) ως δήμος της επαρχίας Τήνου και περιλάμβανε αρχικά όλο το νησί. Κατατάχτηκε στη Β΄ τάξη Δήμων, με πληθυσμό 5.000 κατοίκους και έδρα την πόλη της Μυκόνου. Εγκαταστάθηκε τότε ως πρώτος του Δήμαρχος ο προύχων Πέτρος Μαυρογένης. Ο Δημότης του Δήμου αυτού ονομάσθηκε Μυκόνιος.
Αργότερα προσαρτήθηκαν στο Δήμο αυτόν τα νησιά Δήλος και Ρήνεια, αφού του παραχωρήθηκαν από το κράτος οι γαίες τους, προκειμένου να διατίθενται για βοσκή ή καλλιέργεια στους ακτήμονες αγρότες της περιοχής.
Όμως, θα πρέπει να αναφερθεί ότι η Μύκονος έχει μια μακρά αυτοδιοικητική παράδοση που πηγαίνει πίσω στις αρχές της Οθωμανικής περιόδου. Πράγματι, με αφορμή το θάνατο του βενετσιάνου φρούραρχου-καπιτάνου της Μυκόνου το 1615, δυνάμει ειδικών προνομίων που φαίνεται ότι είχαν δοθεί έναν περίπου αιώνα νωρίτερα από το Σουλτάνο στους νησιώτες, οι Μυκονιάτες συνέστησαν το ‘Κοινό των Μυκονίων’ (οι παλαιές σφραγίδες του -πρίν το 1820- το αναφέρουν ως ‘ΚΟΙΝΟΤΗC MHKΩNOY’), αντιπροσωπευτικό όργανο που διαχειρίστηκε με σύνεση και επάρκεια τις τοπικές υποθέσεις και όχι μόνο, ως τον καιρό της Ελληνικής Επανάστασης.
Χαρακτηριστικά, το σημερινό Δημαρχείο, αν και δεν φαίνεται να χρησιμοποιήθηκε προεπαναστατικά ως έδρα του οργάνου, είχε περιέλθει πάντως στην κυριότητά του ήδη από τα τέλη του 18ου αιώνα.
Το 1916 ιδρύθηκε η Κοινότητα της Άνω Μεράς, αποσπώντας από τη διοίκηση του Δήμου το ανατολικό τμήμα του νησιού, περιοχή αγροτική με επίκεντρο την Ι. Μ. Παναγίας Τουρλιανής. Η Κοινότητα διατηρήθηκε ως την εφαρμογή του Σχεδίου ‘ΚΑΠΟΔΙΣΤΡΙΑΣ’ (1999) που συνένωσε πάλι τους δύο Ο.Τ.Α. σε έναν.
Από της ιδρύσεώς του ο Δήμος της Μυκόνου ως το 1912 έφερε επίσημα το όνομα ‘ΔΗΜΟΣ ΜΥΚΟΝΙΩΝ’, ρίχνοντας έτσι το βάρος στην πόλη της Μυκόνου και την ιστορική της συνεισφορά. Το όνομα αυτό επανέκτησε για να χρησιμοποιηθεί πάλι από το 1946 ως το 1999.
Το διάστημα 1912 – 1946 ο Δήμος μετονομάστηκε σε ‘ΚΟΙΝΟΤΗΣ ΜΥΚΟΝΟΥ’, ενώ από το έτος 2000 ονομάζεται πλέον ‘ΔΗΜΟΣ ΜΥΚΟΝΟΥ’, αφού ένας Δήμος και μόνο καλύπτει όχι μόνο το ίδιο το νησί, αλλά όλο το νησιωτικό σύμπλεγμα Μυκόνου, Ρήνειας και Δήλου.
Τον Δήμο Μυκόνου αποτελούν έτσι σήμερα τα νησιά: Μύκονος, Ρήνεια, Δήλος και οι γύρω τους νησίδες – βραχονησίδες: Τραγονήσι, Κταπόδια, Μεγάλος Ρεματιάρης, Μικρός Ρεματιάρης, Μπάου ή Άγιος Γεώργιος, Πρασονήσια, Καλαφακιώνα κλπ.
Η Μύκονος ανήκει στο Νομό Κυκλάδων (που περιλαμβάνει τα 24 νησιά του νησιωτικού συμπλέγματος των Κυκλάδων) και, μαζί με αυτόν, στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου (που περιλαμβάνει τους Νομούς Δωδεκανήσου και Κυκλάδων). Το σύμπλεγμα αυτό δεν συνιστά επαρχείο (όπως δηλ. η Άνδρος, η Τήνος κλπ.), υπαγόμενο απευθείας στη Σύρο, όπου είναι η έδρα του νομού Ερμούπολη.