Το νησί της Μυκόνου διαθέτει πληθώρα εκπαιδευτικών μονάδων, Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, οι οποίες είναι επανδρωμένες με έμπειρο και ικανό προσωπικό για την παροχή βέλτιστων εκπαιδευτικών υπηρεσιών. Συγκεκριμένα:

Το σχολικό συγκρότημα που στεγάζει το Λύκειο και το ΤΕΕ Μυκόνου, βρίσκεται στην περιοχή Πετεινάρος και λειτούργησε το έτος 2002. Αποτελείται από ισόγειο εμβαδού 1200 τ.μ , υπόγειο 167 τ.μ , όροφο 443 τ.μ και ημιυπαίθριους χώρους συνολικού εμβαδού 400 τετραγωνικών μέτρων. Κατασκευάστηκε σε οικοπεδική έκταση ιδιοκτησίας του Δήμου Μυκόνου, ο οποίος αποτελείται από αρχικούς αγρούς που περιήλθαν στο Δήμο από κληρονομιά του αείμνηστου δημάρχου Μυκόνου Κουζή Γεωργούλη, προσαυξημένο και με άλλο γειτονικό αγρό, που αγόρασε πρόσφατα ο Δήμος, συνολικού εμβαδού 26 στρεμμάτων.

Το 1ο και 2ο Νηπιαγωγείο Μυκόνου συστεγάζονται σε κτίριο το οποίο κτίστηκε το 1978, μετά από χρηματική δωρεά του αείμνηστου Δημητρίου Κούτση στη θέση Λάκκα της πόλεως Μυκόνου, σε οικόπεδο του Δήμου Μυκόνου, συνολικού εμβαδού 1.180 τ.μ. Αργότερα, στο αρχικό συγκρότημα προστέθηκαν άλλα 210 τ.μ και το 1992 συμπληρώθηκε με νέα αίθουσα εμβαδού 73 τ.μ.

Το πρώην Δημοτικό Σχολείο του Μαραθιού, κλειστό και εγκαταλελειμμένο από το 1986, μετετράπη το έτος 2000, στο πλήρως εξοπλισμένο (με επίπλωση, θέρμανση, εποπτικά μέσα κ.λ.π) Νηπιαγωγείο του Μαραθιού, μετά από επισκευή από τον Δήμο Μυκόνου του υφιστάμενου παλαιού κτιρίου και προσθήκη μιας νέας αίθουσας και ενός λεβητοστασίου. Το γύρω οικόπεδο εμβαδού 1600 τ.μ. (ιδιοκτησίας του υπουργείου Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων), βελτιώθηκε και εξοπλίστηκε με περίπτερο – στέγαστρο, παιχνίδια, τεχνητή λίμνη και άλλα. Στη συνέχεια ο Δήμος αγόρασε γειτονικό οικόπεδο εκτάσεως 3 στρεμμάτων, στο οποίο κατασκεύασε αποθήκες περίπου 60 τ.μ.και το υπόλοιπο διαμόρφωσε σε χώρο στάθμευσης αυτοκινήτων. Η σημερινή συνολική επιφάνεια των κτιρίων είναι περίπου 300 τ.μ.

Το Δημοτικό Σχολείο της πόλεως Μυκόνου (όπου πλέον σήμερα στεγάζει μόνο το 1ο Δημοτικό Σχολείο Μυκόνου) στα Τρία Πηγάδια – Λάκκα ιδρύθηκε το 1935 μετά από δωρεά του οικοπέδου του στην αρμόδια σχολική Εφορεία, ως μονώροφη αρχικά οικοδομή, η οποία έκτοτε έχει συμπληρωθεί με επάλληλες προσθήκες αιθουσών και άλλων χώρων, τόσο καθ’ ύψος όσο και κατ’ επέκταση. Το συνολικό του εμβαδόν σήμερα είναι 1.519 τ.μ.

Ο παιδικός σταθμός Μυκόνου στεγάζεται στο πρώην Δημοτικό Σχολείο στην περιοχή Ομβροδέκτη, στο δρόμο του Αεροδρομίου, το οποίο αρχικά είχε κτισθεί ως μονοθέσιο σχολείο, στις αρχές της δεκαετίας του ’30 και λειτούργησε έτσι για μερικές δεκαετίες. Το 1990 μετετράπη σε παιδικό σταθμό ύστερα από κατάλληλη επισκευή, προσθήκη μιας αίθουσας, το 1992 και πλήρη εξοπλισμό του. Το συνολικό εμβαδόν των υφισταμένων σήμερα κτιρίων είναι περίπου 200 τετραγωνικά μέτρα.

Το Γυμνάσιο Μυκόνου έχει ιδρυθεί το 1963 και λειτουργεί έως σήμερα σε δωρηθέν οικόπεδο από τους Ντεμένεο και Πετρούλα Δακτυλίδη. Το πρώτο κτιριακό συγκρότημα επαυξήθηκε έκτοτε με προσθήκες (γυμναστήριο, βιβλιοθήκη και λοιπά) για την κάλυψη των διαρκώς αυξανόμενων αναγκών της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Συστεγάζονταν μέχρι το σχολικό έτος 2001 – 2002 με το Λύκειο Μυκόνου, μέχρι την μεταστέγαση του τελευταίου στο νέο κτιριακό συγκρότημα του Πετεινάρου. Σήμερα λειτουργεί μόνο ως Γυμνάσιο και τα κτίρια του καλύπτουν επιφάνεια 1.250 τετραγωνικών μέτρων.

Το κτίριο όπου στεγάζεται ο παιδικός σταθμός Ανω Μεράς δημιουργήθηκε αρχικά το 1927 για να λειτουργήσει ως δημοτικό σχολείο θηλέων, σε οίκημα που δωρίθηκε από τους αείμνηστους αδελφούς Πέτρο και Μιχαήλ Καμπάνη. Την τελευταία πενταετία, μετά από κατάλληλη επισκευή των υφισταμένων κτιρίων, την προσθήκη νέων αναγκαίων χώρων και τον πλήρη εξοπλισμό τους, το συγκρότημα συστέγασε τό Νηπιαγωγείο και τον παιδικό σταθμό Άνω Μεράς, μέχρι το 2005, οπότε και έγινε σημαντική ανακαίνιση των εσωτερικών και εξωτερικών χώρων του κτιρίου και έκτοτε στεγάζει μόνο τον Παιδικό Σταθμό.

Το 2005 , ο Δήμος Μυκόνου, με χρήματα απο το Δ’ ΚΠΣ, έκτισε στον ίδιο οικοπεδικό χώρο, υπερσύγχρονο σχολικό κτίριο με κατάλληλα διαμορφωμένους διδακτικούς χώρους και ευρύχωρες αυλές, όπου έκτοτε στεγάζεται το Νηπιαγωγείο της Άνω Μεράς.

Το έτος 1874 ιδρύθηκε το Δημόσιο Σχολείο στην Άνω Μερά, το οποίο, για αρκετά χρόνια, στεγαζόταν σε διάφορα ιδιωτικά και μοναστηριακά κτίσματα. Κατά το έτος 1900 ανηγέρθη το πρώτο διδακτήριο του σχολείου, επι δωρηθέντος μοναστηριακού οικοπέδου με δαπάνη του Δημοσίου. Έκτοτε το κτιριακό συγκρότημα επαυξήθηκε με δυο προσθήκες αιθουσών και στεγάζει το Δημοτικό Σχολείο της Ανω Μεράς. Σύντομα αναμένεται να ξεκινήσει η κατασκευή νέου κτιρίου, σε δυο επίπεδα, στο πίσω μέρος του υπάρχοντος παλαιού, το οποίο θα περιλαμβάνει έναν πλήρως οργανωμένο χώρο πολλαπλών χρήσεων για πολιτιστικές εκδηλώσεις και άλλες δραστηριότητες καθώς και τρείς αίθουσες διδασκαλίας.