Στο σύνολο των νησιών κυριαρχεί το ήπιο εύκρατο μεσογειακό κλίμα , το οποίο στις Ν-Α περιοχές κλίνει προς το θαλάσσιο. Ο χειμώνας είναι ιδιαίτερα ήπιος, με μέση θερμοκρασία που σε πολλά νησιά των Κυκλάδων ξεπερνά τους 12°C. Το καλοκαίρι η μέση θερμοκρασία υπερβαίνει τους 25°C στα περισσότερα νησιά, η ατμόσφαιρα παραμένει όμως δροσερή λόγω της επίδρασης των ανέμων και της θάλασσας.
Οι κλιματικές συνθήκες της περιοχής των Ν. Κυκλάδων χαρακτηρίζονται ευνοϊκές για την γεωργική παραγωγή. Η ελεύθερη παγετού περίοδος του έτους, βασικής σημασίας για πολλά φυτικά είδη, είναι εξαιρετικά μεγάλη και εκτείνεται από 1η Μαρτίου μέχρι 15η Νοεμβρίου, δηλαδή 260 ημέρες το έτος. Περιοριστικός παράγοντας των αποδόσεων και γενικότερα της αγροτικής ανάπτυξης στο νησί είναι η εκτεταμένη ξηρά περίοδος με χαμηλό μέσο ετήσιο ύψος βροχής που ανέρχεται σε 371,7mm (για την περίοδο 1989-1996).